Militar español por tradición familiar -su padre fue general de la Guardia Civil-, veterano de las campañas de África, herido durante la Guerra de Marruecos y, a partir de 1936, tras participar activamente en la preparación del golpe contra la República, encargado de dirigir la represión en Granada desde su puesto de gobernador civil en contacto permanente con Gonzalo Queipo de Llano. Valdés, camisa vieja y jefe de las milicias de Falange, jugó un papel destacado en la detención y muerte de Federico García Lorca y de miles de simpatizantes de izquierda. Las investigaciones apuntan a que Valdés fue quien dio la orden de asesinar al poeta tras consultar por teléfono con el general Gonzalo Queipo de Llano quien respondió con una frase cifrada: “Dele café, mucho café”.
Camisa vieja y jefe de las milicias de Falange, jugó como gobernador civil de Granada un papel destacado en la detención y muerte de Federico García Lorca y de miles de simpatizantes de izquierda.
Tras el anuncio de la sublevación, José Valdés se pone al mando de un grupo de soldados procedentes de los distintos cuarteles de Granada, se encamina con ellos al Gobierno Civil, situado en la calle Duquesa, en la actual Facultad de Derecho, destituye sin violencia al gobernador republicano, César Torres Martínez -que llevaba en el puesto apenas unos días-, y se autonombra gobernador con la aquiescencia de Queipo.
El mes siguiente fueron fusilados cerca de 600 personas en el cementerio de Granada, entre ellas el alcalde socialista, Manuel Fernández-Montesinos. Junto con el capitán José Nestares, delegado de Orden Público, y el jefe de Policía, Julio Romero Funes, se lanza a la caza de simpatizantes de izquierda. En Víznar y Alfacar, la línea del Frente que quedó al mando de Nestares, murieron miles de personas, entre ellos García Lorca y eminentes profesores de la Universidad como el rector, Salvador Vila o el catedrático de Derecho y político Joaquín García Labella.
Su responsabilidad en el fusilamiento de García Lorca ha sido verificada por diversos testimonios e historiadores, y matizada por otros. La primera versión apunta que fue Valdés quien autorizó a Ramón Ruiz Alonso, exdiputado de la CEDA y enemigo declarado de García Lorca, a que se presentara en casa de la familia del poeta Luis Rosales y procediera a su detención con la excusa de una denuncia de origen turbio e inverosímil. Lorca se había refugiado allí el 9 de agosto tras los registros llevados a cabo por falangistas en su casa de la Huerta de San Vicente.
Lorca es detenido en la casa de los Rosales la tarde del 16 de agosto y conducido, en medio de un gran despliegue policial, al vecino Gobierno Civil donde es confinado en un cuarto de reducidas dimensiones, hoy derruido, que contiene una mesa cuadrada, un sillón y un par de sillas. Allí es visto por varias personas, entre ellas José Rosales. Valdés se encontraba fuera de la ciudad y regresó por la noche.
Mientras Federico permanece detenido, algunos de los hermanos Rosales, en particular José y Luis, despliegan toda su influencia para tratar de liberarlo. El mismo día 16, Luis Rosales se presenta por la tarde, a la vuelta del frente, en el Gobierno Civil y exige ver a Valdés, que en ese momento está ausente. Esa noche hay un agrio enfrentamiento entre Luis y Ruiz Alonso, el personaje que detuvo a Federico. El otro hermano Rosales, José, Pepiniqui, espera al regreso de Valdés y sostiene con él otra seria disputa. Según su propia confesión, entró en el despacho a empujones y esgrimiendo una pistola y lo encañonó. Lorca es trasladado probablemente en la madrugada del 17 a La Colonia de Víznar y fusilado y enterrado en un lugar desconocido situado entre Alfacar y Víznar.
Valdés renuncia al puesto de gobernador en abril de 1937 para reintegrarse al Ejército. Muere a causa de un cáncer complicado con una herida de guerra en Granada en 1939. El Ayuntamiento de Granada, tras la contienda, bautizó como Comandante Valdés una céntrica calle que permaneció con su nombre hasta que la corporación democrática de 1979 la sustituyó por su denominación anterior a la guerra, Almona del Campillo.
